人稱日本警察之救世主的高中生偵探工藤新一在與青梅竹馬毛利蘭去游樂園游玩時，不經意地發現行蹤可疑的黑衣人。工藤新一于是尾隨跟蹤，并目睹了黑衣人正在進行可疑交易。不料，卻被另一名黑衣人在背后擊暈，并被強行灌下一種名為APTX-4869的毒藥，致使身體變小。 為了不讓身邊的人受到波及，工藤新一不得已隱藏了自己還活著的事實。在情急之下，工藤新一受到《福爾摩斯》的作者“阿瑟·柯南·道爾”和“江戶川亂步”名字的啟發，改名為“江戶川柯南”。 為了在不暴露真實身份的情況下調查黑衣人的下落，工藤新一便寄住在毛利蘭的家中，想借助以偵探為職業的毛利蘭的父..