冒險(xiǎn)的舞臺(tái)在關(guān)東。少年小紅從口袋妖怪研究所的大木博士那里得到了搭檔小火龍，并與他一起展開大冒險(xiǎn)。　　小紅的目的就是為了幫博士完成，口袋妖怪圖鑒的收集工作。因此他和小火龍一起和各種口袋妖怪相遇并戰(zhàn)斗。　　在戰(zhàn)斗中，小紅遇到了作為對(duì)手的小綠，并和其一起與火箭隊(duì)展開戰(zhàn)斗。為了與火箭隊(duì)的BOSS坂木展開對(duì)決，他們?cè)谌ヌ魬?zhàn)的過(guò)程中與各種未知的口袋妖怪相遇！