國中二年級學生天野雪輝習慣遠離所有人，以一個旁觀者的角度把親眼所見的事當作日記記錄在自己的手機中。一天，時空之神Deus把未來日記植入他的手機，日記中記錄的是他未來90天發生的事，包括考試內容、遇到的危險等。這個“日記”代表著持有者的未來，一旦被破壞，持有者將會同日記一同消失。Deus選定了十二位未來日記的持有者、他們之間將會進行一場生死游戲，而最后生存的人將會成為Deus的繼承者，掌握支配時空的“神之座”。究竟十二位日記持有者為何要參加這場冒險？為了成神？為了守護？還是為了……天野雪輝的下場又將會如何？生存大戰一觸即發！