與劇場版比克提尼與黑英雄捷克羅姆同時上映，為了成為合格的神奇寶貝訓練師，小智、天桐、艾莉絲帶著各自的小伙伴繼續在世界各地旅行。這次他們來到了美麗的山中小鎮艾茵多奧克參加神奇寶貝的比賽，在比賽的時候，小智多次得到一個神秘的小家伙的幫助。他的反常舉動引起了當地的美麗女孩卡莉塔的注意，最終眾人發現，那個幫助了小智的家伙就是傳說中擁有神奇力量的神奇寶貝比克提尼……